Linux でサポートされるジャーナルファイルシステム
ext3、ext4、ReiserFS、JFS、XFS、VxFS
Mac OS X でサポートされるジャーナルファイルシステム
HFSX(HFS+)
Windows でサポートされるジャーナルファイルシステム
NTFS
旧式のファイルシステム
ext2、HFS、FAT16(FAT)、FAT32(VFAT)
FAT32は、普及率が高いため未だ頻繁に利用されていますが、旧式のファイルシステムではファイルの断片化が起きやすいので、なるべくジャーナルファイルシステムでHDDをフォーマットしましょう。
Linuxでは標準的に採用されているext3を利用すると良いでしょう。将来的にはext4が標準採用されるはずです。Linuxでも、WindowsのFAT16、FAT32、NTFS、それからMacのHFS、HFSXを利用できますよ。
Linuxではデフラグは必要ありません!
GPartedでパーティションを編集する
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